新联盟成立
1948年开始发展两个联盟，并尝试拉拢不同企业加入，1949年年正式将旧的联盟解散，一共以十五支球队分成两个联盟，分别在12月26日成立太平洋联盟以及12月1日成立中央联盟。并根据美国职棒的世界大赛设立7战4胜的日本世界大赛（后来改称日本大赛）。
1965年及1973年，读卖巨人连续九年夺得日本大赛冠军。1973年太平洋联盟根据美国联盟，引进指定打击制度。此外1969年到1972年发生黑雾事件，多名球员被终身停赛，以及1978年江川卓利用新人遴选的漏洞，拒绝加入阪神虎，坚持加入读卖巨人，造成了职棒界有名史上空白的一天。八十年代末以及九十年代初，形成西武狮王朝。不过由於焦目的球星集中在中央联盟，形成太平洋联盟球队观众人数较少，经营较为困难，在八十年代开始，太平洋联盟球队开始陆续出现了东主易手的情况。
近年发展
1993年是职棒重要的分水岭，一是日本职业足球联赛成立，成功的宣传策略，抢走了不少只看棒球的观众，事实上日本职业足球联赛是亚洲近年发速度最快的职业足球联赛之一。二是从美国职棒大联盟引入自由身制度，只要在日本职棒拥有相当经验的球员，在球季结束后就可以不需理会合约内容自由加入任何球会，当中包括了日本职棒以及美国职棒大联盟的球员，不少球员以自由身身份加入美国职棒，代表的球员有野茂英雄、田口壮、松井秀喜、佐佐木主浩、长谷川滋利、伊良部秀辉等。
此外，还有对美国职棒大联盟对日本职棒球队之间竞标金制度，不少球队以高价邀请日本职棒的优秀球员加盟，例如铃木一朗、松坂大辅、城岛健司等，近年随一些棒球选手效力美国职棒大联盟的球队，球队中的球员水平难免被削弱。
2004年，太平洋联盟取消自1973年实行的两季制，改为单季制度，同年大阪近铁野牛和欧力士蓝浪合并，并於2005年重组成欧力士野牛，2004年以东北地区活动组成了东北乐天金鹰，解决了两队合并后的联盟危机。
2005年，为了增加吸引力，首次在赛季上引入跨联盟比赛，与跨联盟球队进行主客各三场的比赛。此外，第一个以地方为主的四国岛联盟亦开始成立。2006年日本棒球代表队取得了第一届世界棒球经典赛冠军。2009年日本棒球代表队，拿下了第二届世界棒球经典赛冠军，达成世界棒球经典赛的二连霸！
特色
与美国职棒大联盟的球队最为不同的是，球队可以因为更换赞助商而改名（例：南海鹰->福冈大荣鹰->福冈软体银行鹰），而大部份球队名字也显示了球队主要赞助商的名字（例外：横滨湾星，拥有者为东京放送。）。此外，日本棒球可以允许在比赛中和局，如果在首九局无法分出胜负，将会进行三局附加局，附加局仍然不分胜负视作打和。

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