FC爱媛的前身是松山足球俱乐部，于1970年成立。根据地在爱媛县松山市以及整个爱媛县，球队的主场是爱媛县综合运动公园陆上竞技场。1995年改名为爱媛足球俱乐部（简称爱媛FC）。2001年球队开始在日本足球联赛（JFL）比赛。2005年球队夺得JFL的冠军后，升级到乙级（J2）。